12 марта 2013 года в Синодальной резиденции в Даниловом монастыре в Москве, под председательством Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла состоялось очередное заседание Священного Синода Русской Православной Церкви. Кубанский митрополит Исидор направил на имя Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла рапорт, в котором, в частности, сказано: «Принимая во внимание важность определений Освященных Архиерейских Соборов, касающихся усиления развития епархиальной и приходской деятельности, а также активизации просветительской, социальной и молодежной работы, почтительнейше обращаюсь к Вам и Священному Синоду Русской Православной Церкви с просьбой образовать на территории Краснодарского края, население которого превышает 5 200 000 человек, четыре новых епархии».
Решением Священного Синода (журнал № 18) в пределах Краснодарского края была образована Кубанская митрополия, включающая в себя Екатеринодарскую, Армавирскую, Ейскую, Новороссийскую и Тихорецкую епархии. Главой Кубанской митрополии был назначен митрополит Екатеринодарский и Кубанский Исидор.
Пять лет спустя, решением Священного Синода от 28 декабря 2018 г. (журнал № 110) из состава Екатеринодарской епархии была выделена Сочинская епархия (в административных границах г. Сочи и Туапсинского района Краснодарского края).
Таким образом, на сегодняшний день Кубанская митрополия состоит из шести епархий:
— Екатеринодарская епархия, территория включает: города Краснодар, Горячий Ключ, Абинский, Апшеронский, Белореченский, Динской, Красноармейский, Северский районы.;
— Армавирская епархия, территория включает: город Армавир и Гулькевичский, Курганинский, Лабинский, Мостовский, Новокубанский, Отрадненский, Успенский, Усть-Лабинский районы;
— Ейская епархия, территория включает: Брюховецкий, Ейский, Калининский, Каневской, Кущёвский, Ленинградский, Приморско-Ахтарский, Староминский, Тимашёвский, Щербиновский районы;
— Новороссийская епархия, территория включает: города Анапа, Геленджик, Новороссийск и Крымский, Славянский, Темрюкский районы;
— Тихорецкая епархия, территория включает: Белоглинский, Выселковский, Кавказский, Кореновский, Крыловский, Новопокровский, Павловский, Тбилисский, Тихорецкий районы;
— Сочинская епархия, территория включает: город Сочи и Туапсинский район.
На 2023 год в шести епархиях Кубанской митрополии действуют:
— более 629 храмов, часовен и молитвенных помещений, в которых совершают свое служение 781 священнослужитель;
— 3 мужских и 5 женских монастырей в которых подвизается около 200 насельников;
— осуществляет деятельность Екатеринодарская духовная семинария — высшее духовное учебное заведение Русской Православной Церкви, готовящее будущих священно- и церковнослужителей. 31 марта 2022 года Екатеринодарская духовная семинария получила новую государственную лицензию на ведение образовательной деятельности по программе ФГОС 48.03.01 «Теология» (бакалавриат).
На базе Екатеринодарской духовной семинарии действуют курсы повышения квалификации для священнослужителей Кубанской митрополии, курсы подготовки церковных специалистов, курсы базовой подготовки в области богословия для монашествующих.
Сформированы профильные межъепархиальные отделы и комиссии, в которых на сегодняшний день ведется большая по охвату разносторонняя деятельность. Руководители отделов и комиссий стараются находить интересные формы взаимодействия с населением, чтобы донести до современного человека весть о Христе.